החיפושים אחר נחמיה אהרוני נמשכו אלתוך הלילה כשאת האירוע עצמו מנהל בגאון מפקד תחנת משטרת בית שמש סנ"צ שלומי טובול. כל צמרת בית שמש סייעו בחיפושים אחר הנער, ובתמיכה למשפחה שנמצאת בחפ"ק, החל מראש העיר עליזה בלוך, מנהל אגף חירום ובטחון צחי אלימלך ואנשי האגף, מנכ"ל העירייה איתמר ברטוב, ידיד קרוב של המשפחה וחברם לקהילה חבר מועצת העיר הרב יגאל חדד, יו"ר ארגון עזרת אחים ומפקד זק"א בבית שמש הרב אברהם קאפ, וכמובן כיבוי אש, מד"א, הצלה, ועוד ועוד.

החיפושים נמשכו לאורך הלילה בכל שטח מנזר בית ג'מאל עד כביש 5 בתקווה שהנער חצה משם את ההרים  על מנת ללכת רגלית לביתו שברחוב נהר הירדן בבית שמש ואולי הוא מעד ולכן התעכב, אך גם לאחר כל הסריקות שבוצעו באזור נחמיה לא נמצא.

לקראת השעה 22:00 התרכזו החיפושים במקום האחרון שבו נראה נחמיה אהרוני, באגם הקטן שבחורשת האקליפטוס. כידוע במקום שבו יש ביצות ישנם עצי אקליפטוס השותים את מי הביצות ומייבשים אותם, ולכן בדיוק בקרבת האגם היתה ביצה, בנוסף במקום מתבצעות עבודות בכביש, ואין שם שום תמרור המזהיר מפני סכנה כלשהי שלא לומר גדר המונע גישה לאגם.

בשעה 23:00 החלו לשאוב את מי האגם הקטן והעמוק משאבת ביוב וטרקטור, ולאחר יותר מחצי שעה ששאבו את מחצית מי האגם עד לגובה 1.20 מטר לערך, החלו לבצבץ רגליים, עד ראייה סיפר לנו שברגעים אלו נשימתו נעתקה ממנו, ובצער רב בשעה 12:46 החלו למשות את הגופה מן המים, ומיד התברר כי הגופה היא של הנער נחמיה אהרוני. צמרמורות, רעד, פחד וגם צער מילאו את האנשים שהיו בסמוך לגופה, אוטובוס החפ"ק שהיה בסמוך למקום החיפושים עודכן ועדכן את ההורים שהיו במקום, צחי אלימלך הרב יגאל חדד אבריימי קאפ היו שם, הרב יגאל חדד לא מש מהמשפחה, סנ"צ שלומי טובול ישב עם המשפחה והסביר להם כי עליו לקחת את הגופה לאבו כביר לשם צילום הגופה, ולא לצורך ניתוחה.

לאחר שההורים ידעו על הגורל המר שפקד אותם יידעו את האחים שהיו בבית על הבשורה המרה, ולאט לאט החלו אנשים מתאספים סביב הבית שברחוב נהר הירדן. במשך כל הלילה היו אנשים סביב הבית, גם הרב יגאל חדד ומנהל מחלקת הנוער יוסי גמליאל היו שם, גמליאל חזר מדובאי ובמקום לשוב לביתו הוא נסע הישר למקום האירוע ולאחר מכן היה בסמוך לבית המשפחה על מנת לתאם סיוע של פסיכולוגים מטעם העירייה. יו"ר מינהל חינוך שרי דרור טיפלה בנושא במשך שעות רבות.

בשעה 2:30 הרב יגאל חדד הרים טלפון למפקד זק"א בבית שמש הרב אברהם קאפ וסיכם עמו שלא יעשו כלום עם הגופה כל עוד הרופאים באבו כביר לא נוטלים את רשותו של הרב קאפ לבצע נתיחה, בית שמש סומכת עליך, כך נאמר.

כיצד קרא האסון? באגם ישנם דגים קטנים ועל פי אחת הגרסאות נחמיה אהרוני דג כמה מהם ושם בתוך בקבוק, כשעלו כולם לאוטובוס הוא נזכר ששכח את הבקבוק ואמר לחבריו אני הולך להביא את הבקבוק. "יתכן" וכאן אני ממש נזהר, קחו את הדברים בערבון מוגבל שהוא לא מצא את הבקבוק, והוא רצה לדוג כמה דגים, הוא טבע בביצה ונסחף לתוך האגם. זו רק השערה אך לבינתיים אף אחד לא יודע כיצד האסון הנוראי קרה.

מפקד זק"א בבית שמש ויו"ר ארגון עזרת אחים הרב אברהם קאפ אמר לנו: 27 שנים אני גר בבית שמש ומעולם לא שמעתי שהיה נעדר בבית שמש שסיפורו הסתיים בטרגדיה כזו.

ראש העיר עליזה בלוך הוציאה ידיעה ובה נאמר:

"ערב קשה, טרגדיה נוראה. אני שולחת חיזוק גדול למשפחה. אנחנו אחרי שעות רבות של מאמצי חיפוש אדירים. קיווינו לנשום לרווחה בסיום הערב הזה, אך למרבה הצער אירע האסון הקשה. היה זה מחזה מרגש לראות גברים ונשים, מאות תושבים שגילו ערבות הדדית וסייעו במאמצי החיפוש.

תודה גדולה לכוחות הביטחון, שוטרי משטרת ישראל, כב"ה, מד"א וארגוני ההצלה והחסד כמו גם למועצה האזורית מטה יהודה ששיגרה מתנדבים לסיוע. בית שמש הוכיחה הערב בשעתה הקשה אחווה הדדית, סולידריות ואכפתיות.

שוחחתי מקודם גם עם ח"כ משה אבוטבול וחבר מועצת העיר הרב יגאל חדד שמלווים יחד איתנו את המשפחה. עיריית בית שמש תסייע למשפחה ולקהילה בכל הנדרש ובכלל זה מנהלי החינוך והרווחה ילוו את הדרוש ליווי".